Как незаметно прописатся в автозагрузку в том числе и для различных мониторов реестра (часто включеных в антивирус) писал Крис Касперски в Хакере. Беглым просмотром в списке статей не заметил, возможно еще не выложили.
Смысл:
Ищим любой exe (dll) файл в реестре, в место него прописываем себя (или заменяем на винте) а после своей загрузки загружаем уже его.
Если взять какие-нибудь системные файлы - то загружатся будут всегда, правда в основном там dll.