где будет лежать файл - без разницы..

taskkill с данными параметрами, что я указал, убивает процесс по его имени, т.е.
taskkill /F /IM имя_процесса
т.ч. pid узнавать не надо..

можно указать относительный путь..

>> И как сделать чтоб скрипт не ждал завершения внешней комманды, направить вывод в файл?

я даже х.з.. я б вообще такое не пхп писал, а на PERLe например, используя треды..