А оно случайно жаба сплойт в вверх страницы не вставляет? Просто, на сколько мне известно, в последнее время бродит сплойт для cpanel, который встаивает свой js код в такие вот файлы. Так-что тут может ты и не причём. Проблемы хостера могут быть.