Вообще с точки зрения файловой системы, то такие операции не допустимы что после точки нет символа. Потому файловая система "срезает" точку.
P.S.: Это реально проверить на локальной машине... А бага в неправильном "регулярном выражении" при проверке на загружаемый файл. И вообще это проблема не FCKeditor'a, а того кто её ставит...