ну как мне кажется у тебя тупо украли пароль к фтп и фставили ифреймером.
Т.к. ифрейм вставлен в корень диры, в индекс не основной а для переадресации, "машинная" работа как говорится.

Но вариантов куча ... смысл - получили права на запись в корень диры.
Самый вероятный и простой - получили акк фтп