По сути идея вот в чем:
1. Во время запуска прочитать размер / crc32 / md5 что то 1 из этого, что будет лучше.
2. После сверки выдать результат true или false

Главная проблема в больших файлах, если много тогда проверяет все это долго.
В случае если проверять только папку System все делает быстро, если же Maps тогда намного дольше.