Можно еще чекать хэши только это когда реально необходимо, т.е. когда размер или время у файла поменялись.

А данные о ранее вычисленном хэше и корректном времени хранить в потоке файла.

Ну и для большей надежности для больших файлов к примеру можно какой-то кусок/куски из всего объема проверять каждый раз на тему изменения их хэша.