Работа с пакетами в Ubuntu либо графическая с помощью aptitude либо консольная. Основные команды:
apt-get install <пакет> - установить пакет
apt-cache search <слово для поиска> - искать пакет в репозиториях
apt-get update - обновить списки пакетов
apt-get upgrade - обновить сами пакеты
apt-get dist-upgrade - обновление дистрибутива
apt-get remove или dpkg -P - удалить пакет

Все команды требуют прав root.

Касательно vpn буквально несколько дней назад тема поднималась. Мое решение проблемы - http://www.citforum.ru/operating_systems/linux/vpn_linux/

Т.к. тема себя исчерпала и вообще поменяла subject, то становится закрытой.