Обычно делают просто, что ссылка вида /download.php?name=file.exe сохраняет статистику (сколько допустим файл раз скачали), а потом этот самый download.php делает редирект на уже конкретный файл в конкретном месте.
Отдавать файл через сам php - дорогое удовольствие.
Во первых лишний php-cgi процесс, во вторых могут проблемы возникнуть при ограничении времени выполнения скрипта, ну и наконец статику принято отдавать через nginx (многие именно так и делают), а так у тебя еще и лишний апач будет висеть, пока юзер качает