Столкнулся практически с абсолютно той же проблемой что и автор.
Сначала учил html, ccs затем php. Изучил базовые знания php.
И все таки все равно приступил учить linux.

Если же ксе таки захочешь учить линукс. Рекомендую постоянно быть в разделах форума *.nix и soft nix. А так же на этих сатах найдшь много инфы от установки до администрирования:
http://forum.ubuntu.ru/
http://www.linux.org.ru/books/
Обязательно прочитай это http://liski.vsi.ru/ubuntu/index.php?page=77
От себя хочу сказать большое спасибо что подсказали мне сылки где я много чего узнал и дали много советов Матер и xcedz

Если ксе таки решил не учить linux, то могу тебе посоветовать одну хорошую книгу по которой я учился и буду продолжать учится. В магазине много книг и все они называются хорошими. Но все они между собой отличаются в привычке программировать которую дает нам автор книги. В том как мы будем размышлять над нашими будующими программами зависит от автора.
В общем я остановил свой выбор на "PHP глазами хакера" Михаил Фленов.


http://samouchka.net/2007/10/16/php_glazami_khakera.html
(нужно зарегиться).

Хотя давно уже понятно что эти все учебники и знания не так важны как опыт коорый у тебя есть.