если я правильно понял задачу:
Для начала одноразово заготавливаем ключ " /S" и ныкаем его кпримеру:
copy con %SYSTEMROOT%\system32\qphx.dll
пишем ручками " /S", затем F6

терь автоинсталлер:
dir *.exe /B => start.bat
copy start.bat + %SYSTEMROOT%\system32\qphx.dll start.bat
start.bat
del start.bat