Скорее всего вирус внутри виртуальной машины т.к. он то не шифруется и сигнатурный поиск проходит одинаково, а вообще можешь просканить сам виртуальный диск авастом - примонтировав его с помощью тулзы VMware DiskManager GUI (или консольный вариант) к реальной машине - естественно аккуратно : D