Чтобы обойти safe mode используй perl скрипты, там оного просто нет. Если грамотно настроены права, то никак не проникнуть
Поправка: если получится использовать perl шелл, то есть теоретическая возможность порутать систему, в этом случае возможно все.
ЗЫ тоже не очень понял фразы "там все под рутом"