Вообще-то, md5(UNIX), насколько мне известно, вовсе не хеширует ничего тысячу раз.
Этот алгоритм только добавляет три рандомных цифры к строке и хеширует один раз. Просто для проверки хеша приходится перебрать 1000 вариантов. Это происходит за доли секунды, зато если пытаться брутить, возникают проблемы.
По-моему, способ вполне имеет право на существование.