Эффект конечно странный. Вообще-то место на диске может "пропадать" из-за слишком большого размера кластера в файловой системе.
Но у меня (под XP, FAT32) под это дело пропадает ок 100MB на каждые 5ГБ файлов, не более. Правда эта цифра может увеличиваться, если на диске хранится много мелких файлов. Современные ОС не оптимизированы под хранение мелких файлов. Если, к примеру, размер файла 1кб, то на диске он занимает 4кб, поскольку таков размер кластера, а файл не может занимать менее одного кластера...