1. Как я понял, что строки уезжают? Ну, например, вот последовательность логин-пароль у меня получилась вот такая:

user1, pass4
user2, pass3
user3, pass1
user4, pass2
user5, pass5

А правильно было бы так:

user1, pass1
user2, pass2
user3, pass3
user4, pass4
user5, pass5

Проверить можно это просто повводив логин-пароль в админку. Ну и в некоторых случаях это просто видно невооруженным глазом...

2. Цикл простой самый... Запускается скрипт и выбирает все значения из первого столбца... Затем скрипт запускается ещё раз и выбирает все значения из второго стобца и т.д. для каждого столбца в таблице...