Ну способ первый - использывать самбу....
В винде открываеш доступ....
В linux ставиш smbclient....

smbclient -L ip // смотриш что расшарено

smbmount "//ip/DISK" /mnt/shara -o guest,iocharset=koi8-r,codepage=cp866

Или второй способ более проблематичный:

Надо поднять на машине с виндой ssh демона....
А потом со своей машины передовать файлы по ssh : например с помощью scp
scp papka/* user@hostapka (юзай man scp =) )

но способ с самбой имхо самым удобным будет......