та ну, чтоб один ботнет убил другой ботнет нужно чтоб он превосходил по количеству на порядок

а защита: анализировать какие запросы используются и по возможности прикрыть их.

например: ддосили ирц сервер. решение: перекинули порты и сказали своим на какой порт конектится.

хотя как вариант попытатся узнать откуда проходить централизованое управление и туда ударить ботнетом