ReVOLVeR
тут 2 способа защиты...

Если это http то банальные средства защиты банящие по большому кол-ву запросов, а так же работающие с куками(как на WHB), так же переход на SSL, установка таких CMS как ngnix которые значительно снижают нагрузку на сервер.

Если же брать пакетный флуд на уровне протокола TCP-IP то тебе поможет грамотно настроенный фаервол, или же отдельный девайс типо такого http://www.thg.ru/technews/20060407_153421.html подразумевающий собой меж сетевой экран, так же закрытие всех ненужных портов.