как это не видит? konqueror под рутом все прекрасно видит и изменяет!
просто иди с помощью него где у тебя раздел винта примонтирован (например /mnt/windows).

пс я так понял ты хочешь чтоб винт открывался с ярлычка на десктопе.. я как-то для этого подправил права вроде как через управление точками монтирования, попробуй.