Некоторые мысли...

Скрипт их прибавляет расширение .html ко всему инклудящемуся, а %00 по-видимому не прокатывает.

По идее, можно переименовать шелл в нечто вроде shell.html и заставить апач на удалённом хосте исполнять html как php, но даже в этом случае вылетает ошибка failed to open stream: Connection timed out, почему - не знаю. (пытался ко многим сайтам так обращаться, везде тайм-аут, даже к их собственному)