Не совсем понятно что putty делает в разделе *nix. Но наверно многим будет полезно.
Для тех, кто не пользуется виндой, а обязательно хочется фронтенда для ссх - есть kssh, вроде нормальная/удобная оболочка. Хотя смысла особого не вижу.
На счет версий протоколов: насколько я понимаю сейчас 2-ая версия более часто используется.