Inqsoft Sign 0f Misery. Там есть мастер создания патчей - указываешь первый файл, затем второй, прога вычисляет отличия, жмешь "Создать патч" - и на выходе получаешь готовый exe-шник(патч).
http://inqsoft.xss.ru/bin/s0m27p_inst.zip