Все делаешь неправильно.
Откуда у тебя на дискете возмется программа format.com (это программа, а не комманда ДОСа). Потом следующее, если ты все же отформатируеш диск С: , тебе же нужно будет ставить откуда то винду, а откуда? Если будеш ставить с СД-РОМа то нужно или запускатся с него или с дискеты но с запуском драйверов которые поддерживают работу с СД-РОМ в ДОСе.
Посему, нужно взять ЗАГРУЗОЧНЫЙ лазерный диск с дистрибутивом винды, грузишся с него и работаеш. Там есть и форматирование и удаление/создание новых разделов и сама установка винды. А гемор с дискетами уж очень неприятен, да и не нужен если есть загрузочный СД.... Ну а если все же думеш через дискеты то позаботся от драйверах поддержки СД-РОМ и подумай откуда будеш ставить винду