Программирую для скайпа уже не первый год.
Написать троян для скайпа не сложно, сложнее всего получить от пользователя подтверждение прав для троя (для того, чтобы программа могла использовать скайп, нужно чтобы пользователь подтвердил, что он это разрешает)