Сделал версию 1.1.

• Исправлено множество мелких иногда возникающих ошибок при обфускации
• Теперь можно указать, заменять ли переменные и функции внутри скобок eval(). Строки в eval() по прежнему не заменяются, процесс нужно контролировать.
• Добавлена функция вывода подробной отладочной информации:
  -новые и старые имена замененных переменных и функций;
  -имена найденных, но не замененных переменных и функций;
  -имена функций, параметры которых нужно пересмотреть вручную
• Добавлено несколько переменных и функций в списки незаменяемых

Пробовал кодировать шелл от nst - он остался работоспособным, хотя в коде присутствуют несколько eval'ов.

Ссылка на скачивание и на пример в первом посте.