перенаправь вывод от проги в файл, то есть если тебе вообще надо что то получить от проги, но она работает слишком долго, а вообще если ты запустил прогу, то можешь останавливать загрузку шелла в браузере, выполнение программы всё равно будет продолжаться. ну а как я сказал выше, если программа имеет какой то вывод который тебе всё таки например через час надо получить, то направляй вывод в файл.
shell_exec("programm.exe > c:/1.txt");

__________________
Бойтесь своих желаний. Они могут исполниться....

...О-о-о-о, ушами не услышать, глазами не понять!