1. Тормозит дисковая подсистема.
а) У меня если RAID5 перенициализируется, винда может грузится 10 мин. и (надеюсь у тебя нет такого массива)
б) Контроллер HDD не работает в режиме UDMA (а работает например в просто MODE4) это возможно как из-за кабеля, так и дров.
В этом случае рекомендую обязательно проверить скорость диска...спец. прогой под виндой. (hddspeed например)
в) кончилось место на hdd, диск содержит логические (и что хуже - физические) ошибки в этом случае надо сканить всю поверхность в MHDD.
2) Ещё возможная проблема - конфликт аппаратных прерываний (иногда могут быть сильные тормоза),
конфликт адресов ввода-вывода (кстати тюнер может лезть не туда в плане аппаратных ресурсов...
PS Смотри ресурсы системы...