Уверен. что у ебя там куча вирей сидит. Они и грузят систему, не давая ей выключаться быстро.
У меня постоянно такая шняга на работе.
Юзай starter + какой нить процесс експлорер.
Почисть автозагрузку и удали левые сервисы.

Причин куча вот некоторые:
1 Вирусы, как написал Alexsize решение сам знаешь
2 Файл подкачки (Если стоит очистка перед выключением) решение:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Contro l\Session Manager\Memory Management параметр ClearPageFileAtShutdown поставь 0 (не очищать)
3 Куча процессов, некоторые подвисают,винда ждёт их завершения по 20 секунд решение :
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Contro l параметр WaitToKillServiceTimeout стоит 20000 поставь 5000(5 секунд)
HKEY_CURRENT_USER\Control Panel\Desktop параметры HungAppTimeout и WaitToKillAppTimeout поставь так-же 5000
И там-же AutoEndTasks поставь 1
Так-же дефрагментация дисков и реестра
Это всё для XP в висте не в курсе

Переставь винду и комп будет включатся и выключатся в 10раз быстрее