была такая же проблема, сайт хостился на mtw.ru(не сочтите за рекламу), думал, что на сайте чей-нить шелл лежит. Когда написал в службу поддержки - посоветовали сменить пароль на фтп и проверить на вирусы все компы, с которых возможен доступ по фтп. Так и сделал, проблема исчезла.

З.Ы. проверял Dr.Web'ом