Это проблемы доменных серверов, на которых дожны быть прописаны ваши домены (bind,named или другие серверные программы.)

скорее всего регистратор посылает запрос типа
nslookup site.com ns1.site.ru
nslookup site.com ns2.site.ru

или

dig site.com ns1.site.ru
dig site.com ns2.site.ru

на который ждет ответ IP адрес

Если есть администраторский доступ к "своему NS" настраивай DNS, в большинстве случаев это демон named из пакета bind. Например http://server-tuning.info/bind/

В итоге надо разобраться со "своим NS", и добиться правильного ответа в виде правильного преобразования доменного имени в IP при использовании комманды nslookup от "своего NS".