Насчет автозагрузки должно быть примерно так.
Кидаешь в директорию /usr/local/etc/rc.d (если ее нет, создаешь) шелл-скрипт для запуска твоего сокса, типа такого:
#!/bin/sh
/usr/local/bin/socks5
Возможно еще надо будет добавить сокс в список демонов в файле /etc/rc.conf
Ну а про отключение логгирования смотри man socks5.conf