Решение проблемы - применить стиль WS_EX_TOOLWINDOW к нужному окну, когда оно SW_HIDE. Т.е. сначала прячем окно, потом ставим стиль, потом делаем окно видимым и на таскбаре ничего не отображается.


Должно срабатывать по SetWindowPos т.е. после замены стилей, надо сделать SetWindowPos с теми же координатами, в принципе когда вы делаете hide/show эта функция вызывается автоматом, так что попробуйте просто после замены стилей SetWindowPos