Если ты хочешь запускать программу в скрытом режиме делай так - WinExec("app_Path+name",SW_HIDE); После этого
где X и Y - новые координаты окна, hWnd - описатель, nWidth и nHeight - новые ширина и высота соответсвенно и bRepaint - перерисовывать окно или нет

P.S. Забыл сказать, насчет окон, есть такая хорошая бесплатная программа Restorator , которая может из файла вырезать ресурсы, так вот, я рекомендую вырезать всякие заставки и все такое, или отредактировать их так, что они будут не видны, тогда никаких проблем с внезапным выскакивающим окошком не будет.