Я бы посоветовал начинать учить ассемблер под конкретное семейство процессоров. Например IBM PC. Тогда основное что тебе понадобиться - это знание двоичной и шестнадцатеричной систем исчисления, а также архитектуры самого микропроцессора, его строение и принципов роботы на физическом и логическом уровнях. В универах это учат на 2 курсе =) Так ты сможешь понять почему код на ассемблере выглядит именно так, а не иначе и что именно этот код делает для получения желаемого результата. А уже после этого переходить на ОС и думать про то, как сделать что б работало на линукс\виндовс ... Хотя я понимаю, что сейчас очень модно кодить используя все готовое ('черные ящики'), но я не сторонник такого метода.

Вот хорошая книжечка http://librussian.info/lib_page_93567.html