1) Юзер заносит свои данные
Выполняються следующие действия
- Он заноситься в базу со статусом confirm = 0, береться $last_insert_id
- Заноситься поле в дополнительную таблицу, ввида
(можно еще и дату, типа в течении 3дней)
- Высылаеться письмо юзверю со ссылкой
mysite.com/confirm.php?user=md5(time()+$last_insert_id)

2) Юзер перешел по ссылке
Проверяем присутствует ли запись в таблице с confirm_code, если да берем из этой таблицы user_id, а по нему переводим значение confirm юзера в 1, если нет к Анатолею
При входе юзера на сайт в запрос дополнительно ставим "AND `confirm`==1"
На файлах смысл тот же.... Только бд в файлах, а это имхо изврат, даже для маленьких сайтов

Это самый простой вариант, можно еще доп проверки ставить, такие как логин
_____________________________

Пока писал ГринБир уже ответил