Если сурс приложений можно изменять, то советую OpenMP - увеличение производительности в несколько раз при минимальных кодозатратах:
ru.wikipedia.org/wiki/OpenMP(ссылки на туторы внизу)
А кроме MPI могу посоветовать Mosix/OpenMosix(open уже вроде как закрыт), а этом случае сурс править ненадо.
Ну а вообще это компетенция ядра. Если эти приложения однопоточные\fork()-нутые, то ядро само отлично справится.