Gadik, substr - возвращает часть строки, и ничего нигде не ищет.
substr($text, 500); - вот и будет с 500 выводить и дальше.

$site = "http://www.domain.com/";
$open=file_get_contents($site,"r");
$res=substr($open, 0, 50000);
1 вопрос