array_diff
(PHP 4 >= 4.0.1)

array_diff - высчитывает разность массивов.

Описание
array array_diff (array array1, array array2 [, array ...])

array_diff() возвращает массив, содержащий все значения array1, не представленные в любом из других аргументов. Заметьте, что ключи сохраняются.

Итого: заполняешь один массив из первого файла, второй массив из второго файла и юзаешь эту функцию.