Для оптимизации в твоей таблице не хватает привязки коментария к определенной теме и сообщения которое коментируется. А если будет существовать эта привязка то поиск по базе будет суживать именно это, тобишь в базе будет проверется индификатор сообщения или темя, а потом+ id пользователя,что и даст оптимизацию скрипта!