Действительно похоже, что трабл с адресацией блоков. Собственно можешь колдовать набором утилит, но...я бы на твоём месте подрубил ещё один винт, рекавернул бы туда всё файло а потом ещё раз перебил разделы. Танцы с бубном по восстановлению Mbr/lba обычно затягиваются на куда большее время...

Выложи для интереса скрины из партишна.