Если есть возможность выполнить пхп - через fopen(), да и многими другими функциями можно. Я так понял - шелл ты сам залил? Раз залил шелл - залей инклюд или тот же fopen() -> fwrite()

з.ы. вот ещё почитай про работу с фтп через командную строку - ttp://www.winblog.ru/net/1147765001-08020803.html