Не совсем понятен вопрос, можно
echo 'http://joomla.com/templates/blabla/css/style' . случайное значение . '.css';
А в .htaccess указать что все запросы наподобии выше ссылаться на
http://joomla.com/templates/blabla/css/style.css

Так делается, что флеш б не кэшировало (часто нужно, что бы он, при каждом заходе, был разный)

А сss и так, вроде бы, каждый раз заново, подгружает