Тут несколько вариантов.
1) может ты все же правильно зажег флеш, а неправильно выставил загрузку с нее. У меня например есть несколько спорных опций (3-4) для загрузки с usb флеши (правильным кажись оказался usb-hdd)
2) возможно загрузчик не поставился в начальные секторы флеши. записать можно с помощью rawrite под окнами и dd под никсами.