ну htpasswd и htaccess лежать могут где угодно в корне сайта
могут в самом корне, могут например в www.site.com/admin/, если например админка защищена щтацесом. Права на чтении будет всегда для пользователя от которого работает апач, однако прочитать их обычным запросом браузера типа www.site.com/.htaccess не получиться. Баш хистори обычно лежит в папке юзера, если например сайт в папке /home/someuser/httpdocs/ , то баш хистори в /home/someuser/.bash_history, прав на чтение как правило нет.
Если я тебя правильно понял =()