это ппц. легко в БД есть поле activ если там 0 значит не актив. если 1 то актив.
отсылаешь ему на почту ссылку вида сайт.ру/confirm.php?name=blaga&code=[тут например md5 его имени и ящика]
в скрипте проверяешь код и меняешь с 0 на 1 и все.