А теперь по теме:
Fat32 - удобная кодировка но производительность всегда средняя на максимум скорость не подымается!

Ntfs - на мой взгляд отличная кодировка только если ты будешь содержать флешку всегда в чистоте и частенько будешь делать дефрагментацию! Скорость тогда наимаксимальная!