Удаление или переименование файла можно прописать в реестре:

Раздел: HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager
Имя параметра: PendingFileRenameOperations
Тип параметра: REG_MULTI_SZ (Мультистроковый параметр)
Значения параметра:
В первой строке записывается путь к исходному файлу. В начале строки ставится \??\
Например: \??\С:\Temp\File.exe
Во второй строке записывается путь к новому файлу. В начале строки ставится !\??\
Например: !\??\С:\Temp\Trash.txt
Пример предполагает, что при загрузке File.exe превратится в Trash.txt.

Если вторая строка пуста (не отсутствует, а именно пуста), то файл будет удалён.