брать мд5 всех файлов + мд5 каталога. если изменился мд5 файла, значит изменился файл, если только каталога, то появился/исчез файл(файлы). если изменится файл, то изменится и мд5 каталога, так что надо придумать, как проверять изменения файлов и их количества одновременно. надеюсь, понятно)