Дык в DirectAdmin ты при создании юзера для доступа к БД выставляешь ему права - к каким таблицам юзер может обращаться, а к каким - нет. Из каких читать, и в какие писать.
Создаешь несколько юзеров, и в зависимости от ситуации подключаешься к базе под ними.